目前為國內第一大管風琴，是德國老牌製造廠商克萊斯 Klais 和我們琴峰樂器共同攜手打造，共耗時十年，造價總計1.2億元。有三組琴，兩組豎立於音樂廳三樓觀眾席的兩側，其中一側為主琴，另一側為副琴，主要調和主琴的音色，另外則有一台可移動式管風琴，可搬運至一樓舞台演奏，以接地下管子連通至上面主副琴風管發聲。衛武營的管風琴有127個音栓和9085支音管，從規模來說是亞洲最大。衛武營音樂廳的空間大，殘響長，特別適合這麼大的管風琴，與管弦樂團合奏的音響效果，在世界上堪稱數一數二。